Manastır Hıristiyanlığın Kutsal Üçlüsü’ne (Aya Triada) ithaf edilmiştir.1063 yılında Bizans İmparatoriçesi Katerina Komnini tarafından bu manastıra hediye edilmiş olan el yazısı bir İncil üzerinde Heybeliada (Yunanca adı Halki) Aya Triada Manastırı ifadesi kullanılmıştır. Burası Bizans sarayı için bazen bir dinlenme yeri, bazen sürgün yeri olarak da kullanılmıştır. İstanbul’un fethinden sonra da faaliyetlerini sürdüren manastırda 1844 yılında, Patrik IV. Germanos’un destekleriyle Ruhban Okulu açılmış. Manastır ve okul, 1894 yılındaki büyük depremde yıkılmış; II. Abdülhamit’in izniyle yeniden yapılmış ve 6 Ekim 1896’dan itibaren yeni binasında faaliyetlerini sürdürmeye başlamıştır.
