Bugün Topkapı Sarayı olarak adlandırılan Sarây-ı Hümâyun’un sınırları içinde bulunan ve sahil köşkleri dizisinin en önemli yapılarından biri olan İncili Köşk, Sinan Paşa Köşkü adıyla da anılmaktadır. Nitekim köşkün mefruşatına dair 1704’te yazılan bir listede burası için kullanılan “Hasbahçe’de Çayır Köşkü demekle mâruf Sinan Paşa Kasrı ...” ifadesinden yapının o zaman Çayır Köşkü adıyla da bilindiği anlaşılmaktadır. Yapı, kubbesinden sarkan inci salkımı biçimindeki süslemelerinden dolayı Avrupalılar tarafından“İncili Köşk” olarak adlandırılmıştır.
Topkapı Sarayı’nın en dış sınırında, Bizans döneminden kalan Marmara tarafı surları üstünde olan köşk, III. Murad döneminde Sadrazam Koca Sinan Paşa tarafından yaptırılarak padişaha sunulmuştur. Yemen Fâtihi de denilen Koca Sinan Paşa aynı yüzyıl içinde yaşamış başka Sinan Paşa’larla karıştırılmaktadır. 1580-1596 yılları arasında beş defa sadrazamlık makamına gelen Koca Sinan Paşa sınırsız servetiyle devletin pek çok yerinde vakıf eserler yaptırmış, 1589-1591 arasındaki ikinci sadâreti sırasında, sarayı çeviren surların üzerinde bu muhteşem köşkü inşa ettirmiştir.
III. Murad burayı çok sevdiğinden sık sık köşke geliyordu. Hastalığının ilerlediği bir dönemde son defa geldiğinde limana giren gemilerin attıkları toplar yüzünden köşkün camlarının kırılması üzerine dehşete kapılarak ağlamaya başlamış ve kısa bir zaman sonra da ölmüştür.
Mimar Sinan’dan sonra hassa mimarlığı makamına geçen ve onun üslûbunu devam ettiren Dâvud Ağa, Sadrazam Sinan Paşa’nın Çarşıkapı’daki medrese ve türbesini yaptığı gibi bu köşkü de inşa etmiştir. Yapıyı taşıyan taş kemerlerin arasına eklediği küçük, zarif bir çeşme 998 (1590) tarihli olup kitâbesinde Mimar Dâvud Ağa’nın adı açık surette okunur.
Çeşmenin bulunduğu yer halkın rahatça kullanabileceği bir yer değildi. Ancak kasır, Bizans döneminde şehrin ünlü manastırlarından birinin kalıntısının hemen yanında ve buradaki Soteros Ayazması’nın üstünde bulunuyordu. Bu ayazmanın yortu gününde şehrin Ortodoks halkının buraya girmesine, kıyıdaki çakılların üzerinde toplanmasına ve çeşmenin kullanılmasına hoşgörü ile bakıldığı bilinmektedir. Bu yortu Yunan ayaklanmasına kadar (1821) her yıl kutlandı. Padişahlar köşkün pencerelerinden, kıyıya yayılan Rum halkın bu dinî törenini 200 yıldan fazla bir süre boyunca seyrederek eğlendiler. Ayazma bir asır kadar unutulmuşken 1921-1922 yıllarında Fransız işgal kuvvetleri tarafından R. Demangel idaresinde yapılan kazılar sırasında tekrar meydana çıkarıldı.
III. Murad’dan sonra da bazı padişahlar arada bu köşke indiklerinden köşk XVII ve XVIII. yüzyıllarda eski ihtişamını korumuştu. Sedat Hakkı Eldem, kaynağını belirtmemekle beraber Topkapı Sarayı Arşivi’nde bulunduğu tahmin edilen 1704’te yazılmış köşkle ilgili bir belge yayımlamıştır. Bu uzun listede köşkün içindeki eşya ve mefruşat ayrıntılı olarak bildirilmektedir. Liste, Sinan Paşa Köşkü’nün iç ihtişamı hakkında yeteri kadar fikir verir. Fakat XVIII. yüzyılın ikinci yarısında bu güzel bina ihmal edilmeye başlanmış, hatta yüzyılın sonlarında İstanbul’da Fransa Krallığı’nın bir elçisi varken ihtilâl hükümetinin gönderdiği temsilci, köşkte padişahın huzuruna çıkacağının bildirilmesi üzerine bu kasırda kabul edilmeyi şanına lâyık görmeyerek yurduna dönmüştür.
Topkapı Sarayı sahilindeki kasırların en eskilerinden ve aynı zamanda en muhteşemlerinden biri olması bakımından sanat tarihinde önemli bir yere sahip olan incili Köşk, XVIII. yüzyılın sonlarında ilk şekline göre bazı değişikliklere uğramış olmakla beraber henüz ayakta idiyse de ihmal edildiğinden harap olmaya başlamıştı. II. Mahmud döneminde Rumeli yakasının tercih edilmesiyle köşk iyice unutuldu. Rumeli demiryolunun Sirkeci’ye getirilmesi tasarlandığında Abdülaziz demiryolunun tam sahilden ve sarayın bahçesinden geçirilmesine izin vermişti. Bu izin, kıyıdaki kasır ve saraylarla birlikte Sinan Paşa Köşkü’nün de yok edilmesine yol açtı. Abdurrahman Şeref, Galib Paşa’nın serkurenâlıkta bulunduğu sırada fazla masraflara sebep oldukları gerekçesiyle bu köşkleri yıktırdığını yazar.
